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建立新增工程领域准入认证制度。培养单位如新增工程领域，采取学校申请，领域专家初审，教指委评审，国家审批的方式进行。
全国有工程硕士专业学位授予权的培养单位102所，招收17453名工程硕士研究生。
2001年
改革工程硕士招生录取办法。采取全国数学、外语联考与培养单位自行组织专业考试相结合的方式，由培养单位根据领域、行业、区域特点自定联考分数线，并结合培养单位组织的专业考试和面试成绩确定录取。
改革培养单位招生规模的确定方式。将以往的由培养单位申报，国家下达招生限额的办法，逐步转为招生质量好、自律性强的培养单位可根据自身实力、学科优势以及人才市场需要自主确定招生规模。
建立工程领域工程硕士教育协作组。首批组成计算机工程、控制工程、机械工程领域、电气工程、材料工程、冶金工程、电子与通信工程、建筑与土木工程、航空工程、航天工程、化学工程、水利工程、工业工程、工业设计工程、兵器工程、动力工程、船舶与海洋工程、仪器仪表工程等18个领域教育协作组。
12月3-4日，第二届全国工程硕士培养工作研讨会在广东工业大学召开。
全国有工程硕士专业学位授予权的培养单位123所，招收26456名工程硕士研究生。
2002年
2月20日，成立“工程博士”立项研究小组，开始设置工程博士必要性和可行性、设置方案及实施意见的研究。
4月5日，教指委成立工程硕士教育质量分析与跟踪调研小组。
3月，《工程硕士专业学位授予领域简介》正式出版，明确了各领域内涵和培养要求。
开始研究“工程硕士专业学位研究生教育评估指标体系”。
开展工程硕士专业学位研究生教育国际交流与合作。
6月1日，根据国务院学位办《关于增招软件工程硕士生的通知》，组织增招软件工程硕士生的考试。
10月10-13日，第三届全国工程硕士培养工作研讨会在中国科技大学召开，会议主题为“工程硕士研究生教育质量保证”。同时，还召开了全国工程硕士35个工程领域教育协作组牵头单位工作研讨会。
工程硕士专业学位新增列软件工程领域，全国有35 个工程领域，全国有工程硕士专业学位授予权的培养单位144所，招收30929名工程硕士研究生。
2003年
1月2日，教指委成立工程硕士教育工程领域培养指导小组。
1月，机械工程领域、电子与通信工程领域开始工程硕士培养质量试评估。
6月26日，国务院学位办发出“关于2003年招收在职人员攻读硕士学位工作的通知”，规定工程硕士研究生入学考试采取两段制考试方式。第一阶段，所有考生参加国家统一组织的工程硕士研究生入学资格考试(英文名称为 Graduate Candidate Test for Master of Engineering，简称“GCT-ME”)。该阶段主要测试考生的综合素质。第二阶段的综合测试工作由各培养单位自行组织，各培养单位根据考生的“GCT-ME”成绩和综合测试结果决定是否录取。
8月20-24日，全国工程领域工程硕士教育协作组第一次会议于在兰州理工大学召开。会议主题为“办出特色、办出水平，进一步做好工程硕士培养工作”。
9月25日，教指委发出“全国工程硕士研究生教育核心教材建设工程实施办法（试行）”。
工程硕士专业学位新增列生物工程领域，试办项目管理领域和物流工程领域，全国有36个工程领域，有工程硕士专业学位授予权的培养单位168所，招收38077名工程硕士研究生。
2004年
3月31日，第二届全国工程硕士专业学位教育指导委员会在北京成立。清华大学校长、中国科学院院士顾秉林教授任主任委员。教育部副部长吴启迪到会并发表重要讲话。秘书处挂靠在清华大学。
9月12-14日，第四届全国工程硕士教育工作研讨会在中国海洋大学召开。会议主题为 |
