| 首次按工程领域对工程硕士培养单位录取结果的百分位平均值进行排序。
l 4月18日，国务院学位办转发了教指委提出的《关于加强工程硕士生招生中第二阶段考试与全面选拔考生的几点意见》。
l 4月22日，教指委发出“工程硕士专业学位论文基本要求（试行）”。
l 4月23日，教指委发出“工程领域教育协作组工作规程”。
l 4月24日，教指委发出“关于全国工程硕士研究生培养质量评估实施办法（试行）”。各领域工程硕士培养质量评估工作全面展开。
l 5月13日，教指委与英国皇家物流与运输学会和中国交通运输协会就物流工程领域工程硕士教育与物流技术资格认证合作达成协议。
l 7月19-22日，全国工程领域工程硕士教育协作组组长第二次会议在宁夏石嘴山市大武口区召开，主题为“倡导教育创新，提高教学质量，丰富培养内涵，强化领域特色”。会议提出了“建立工程硕士专业学位标准的设想”。
l 化学工程、电子与通信工程、控制工程、材料工程、工业工程等5个领域开始工程硕士专业学位标准的研究工作。
l 9月，《工程硕士专业学位教育机制的创新与实践》荣获第五届高等教育国家级教学成果特等奖。
l 全国有工程硕士专业学位授予权的培养单位202所，招收49871名工程硕士研究生。
2006年
l 4月7日，教指委与中国(双法)项目管理研究委员会就项目管理领域工程硕士教育与国际项目管理专业资质认证合作达成协议。
l 6月30日，启动工程硕士“自然辩证法”课程建设。
l 9月13 日，第五届全国工程硕士教育研讨会在大连理工大学召开。会议主题为“面向企业自主创新，培养复合式应用型工程硕士”。
l 全国工程硕士专业学位新增列集成电路工程领域、安全工程领域，全国有40个工程领域，有工程硕士专业学位授予权的培养单位205所，招收57590名工程硕士研究生。
2007年
l 6月11日，教指委公布获得“做出突出贡献的工程硕士学位获得者”荣誉称号名单。
l 6月13日，教指委发出“关于加强项目管理工程领域工程硕士培养工作的几点意见”
l 7月11日，全国工程领域工程硕士教育协作组组长单位第三次全体会议在长春理工大学召开。会议主题是“抓好领域工作，不断提高工程硕士培养质量”。
l 10月20日，化学工程等五个领域开始实施学位标准。
l 10月24日，教指委发出“工程领域工程硕士专业学位标准制订指南”，机械工程、仪器仪表工程、集成电路工程、水利工程、测绘工程、石油与天然气工程、环境工程、车辆工程、制药工程、项目管理等第二批10个领域的学位标准建设启动。
l 10月31日，启动工程硕士教育课题研究。
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