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l 开始研究“工程硕士专业学位研究生教育评估指标体系”。
l 开展工程硕士专业学位研究生教育国际交流与合作。
l 6月1日，根据国务院学位办《关于增招软件工程硕士生的通知》，组织增招软件工程硕士生的考试。
l 10月10-13日，第三届全国工程硕士培养工作研讨会在中国科技大学召开，会议主题为“工程硕士研究生教育质量保证”。同时，还召开了全国工程硕士35个工程领域教育协作组牵头单位工作研讨会。
l 工程硕士专业学位新增列软件工程领域，全国有35 个工程领域，全国有工程硕士专业学位授予权的培养单位144所，招收30929名工程硕士研究生。
2003年
l 1月2日，教指委成立工程硕士教育工程领域培养指导小组。
l 1月，机械工程领域、电子与通信工程领域开始工程硕士培养质量试评估。
l 6月26日，国务院学位办发出“关于2003年招收在职人员攻读硕士学位工作的通知”，规定工程硕士研究生入学考试采取两段制考试方式。第一阶段，所有考生参加国家统一组织的工程硕士研究生入学资格考试(英文名称为 Graduate Candidate Test for Master of Engineering，简称“GCT-ME”)。该阶段主要测试考生的综合素质。第二阶段的综合测试工作由各培养单位自行组织，各培养单位根据考生的“GCT-ME”成绩和综合测试结果决定是否录取。
l 8月20-24日，全国工程领域工程硕士教育协作组第一次会议于在兰州理工大学召开。会议主题为“办出特色、办出水平，进一步做好工程硕士培养工作”。
l 9月25日，教指委发出“全国工程硕士研究生教育核心教材建设工程实施办法（试行）”。
l 工程硕士专业学位新增列生物工程领域，试办项目管理领域和物流工程领域，全国有36个工程领域，有工程硕士专业学位授予权的培养单位168所，招收38077名工程硕士研究生。
2004年
l 3月31日，第二届全国工程硕士专业学位教育指导委员会在北京成立。清华大学校长、中国科学院院士顾秉林教授任主任委员。教育部副部长吴启迪到会并发表重要讲话。秘书处挂靠在清华大学。
l 9月12-14日，第四届全国工程硕士教育工作研讨会在中国海洋大学召开。会议主题为“树立工程硕士研究生教育的科学质量观”。
l 9月13日，国务院学位委员会办公室和教育部学位管理与研究生教育司对25家单位的37名工作人员进行表彰，授予“全国工程硕士研究生教育工作贡献奖”荣誉称号。同时，教指委对40家培养单位的61名教育工作者进行表彰，授予“全国工程硕士研究生教育工作先进个人奖”荣誉称号。
l 工程硕士专业学位新增列项目管理领域、物流工程领域，全国有38个工程领域，有工程硕士专业学位授予权的培养单位180所，招收45378名工程硕士研究生。
2005年
l 3月31日，启动工程硕士英语、数学课程建设。
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